Hola,
En efecto, esa operación, tal y cómo la describes, representa una donación. Sin embargo, dependiendo de la Comunidad Autónoma y como tónica general, al ser de padre a hijo y con esa finalidad específica, están muy bonificada (por no decir que totalmente), incluso llegando a estar exentas en la práctica. Si dices la Comunidad Autónomo de residencia actual (no la nueva, en el caso de que la nueva vivienda implique un cambio) de tu hijo, puedo hacerte una simulación del coste y revisar la normativa, a ver que dice.
Como consejo, es mejor realizar las cosas de manera acorde, para evitar disgustos y sorpresas (si haces la transferencia y detectan la operación no declarada, pierdes los beneficios y deberás tributar por todo el importe, más sanciones, lo cual puede suponer un resultado desorbitado en comparación con el resultado de hacerlo de manera correcta).
Con respecto a tributar como préstamo cuando en realidad no lo es, se denomina simulación, y Hacienda lo investiga y lo persigue con contundencia, básicamente porque debes demostrar que tu hijo te está reintegrando el dinero prestado (si no, no es un préstamo). Si no lo consigues, se tributa como donación encubierta, perdiendo beneficios, y con cuantiosas multas.
Y si me lo permites, tened en cuenta las proporciones a la hora de registrar la propiedad del nuevo inmueble de tu hijo. Si el piso se valora en 100.000€ y tu aportas 50.000€, siendo el resto todo un préstamo, tu hijo debe comprar no la mitad, si no el 75% de la vivienda (50.000€ prestados + 25.000€ de préstamo -la mitad de la hipoteca-) y su pareja el 25%, pues solo pagará la mitad de la hipoteca. Como consejo, por conocimiento de casos cercanos en los que posteriormente sobrevinieron rupturas sentimentales y si todo no se ha documentado y tramitado correctamente, suele ocurrir que el reparto final no sea igual a lo que cada uno aportó.
Un saludo,